В организационной структуре РНК ЧЭС условно выделяются 4 основных компонента:
- межправительственный (саммиты и сессии Совета министров иностранных дел);
- предпринимательский (Деловой совет РНК ЧЭС – орган координации предпринимательских инициатив);
- финансовый (Черноморский банк торговли и развития);
- академический (формируется единая региональная академическая сеть государств Черноморского бассейна, которую предполагается интегрировать с аналогичными европейскими сетями).
Постоянно действующие органы в рамках деятельности РНК ЧЭС Совет министров иностранных дел — основной действующий на регулярной основе орган, принимающий решения РНК ЧЭС. В компетенцию Совета входят следующие вопросы:
- принятие решений по всем вопросам, касающихся функционирования РНК ЧЭС;
- рассмотрение всех вопросов, предоставленных вспомогательными органами;
- принятие решений по вопросам членства и предоставления статуса наблюдателя и партнёра по секторальному диалогу;
- создание вспомогательных органов в рамках РНК ЧЭС, формирование их задач;
- рассмотрение любых других соответствующих вопросов, которые он считает заслуживающими внимания.
Комитет старших должностных лиц — представители министров иностранных дел стран-участниц РНК ЧЭС — действует от их имени и наделен следующими полномочиями:
- рассматривать деятельность вспомогательных органов, оценивать выполнение решений и рекомендаций Совета и разрабатывать рекомендации и предложения для представления Совету;
- рассматривать вопросы, касающиеся координации и сотрудничества с другими органами, связанными с РНК ЧЭС, информировать Совет по данным вопросам и разрабатывать, при необходимости, соответствующие рекомендации и предложения;
- изучать организационные аспекты деятельности РНК ЧЭС, участвовать в разработке предварительного календаря мероприятий;
- представлять Совету на его утверждение годовой бюджет РНК ЧЭС;
- рекомендовать экспертов в специализированные подгруппы для проведения аудиторской проверки бюджета.
Парламентская ассамблея РНК ЧЭС (ПАЧЭС) представляет национальные парламенты стран-участниц РНК ЧЭС, обеспечивает постоянную поддержку процесса Черноморского сотрудничества на консультативной основе.
Черноморский банк торговли и развития – международная финансовая организация, целью которой является эффективное содействие процессу перехода стран-участниц к экономическому процветанию, финансирование и поощрение региональных проектов, оказание других банковских услуг по проектам государственного и частного секторов в странах РНК ЧЭС.
Деловой совет РНК ЧЭС — международная неправительственная организация, состоящая из представителей деловых кругов стран-участниц РНК ЧЭС.
Постоянный международный секретариат находится в Стамбуле, Турецкая Республика. Функционирует под руководством действующего председателя РНК ЧЭС, которое осуществляется через Генерального секретаря.
Действующий председатель — министр иностранных дел страны-участницы, который по ротации выполняет функции председателя РНК ЧЭС, или любой другой министр, назначенный с этой целью правительством соответствующего государства. Ротация должности председателя осуществляется каждые шесть месяцев в соответствии с английским алфавитом. В случае отказа страны-участницы от поста председателя, его занимает следующая по алфавиту страна-участница.
«Тройка» — система, которая состоит из действующего председателя, предыдущего и последующего председателей РНК ЧЭС или их представителей. «Тройка» созывается по просьбе действующего председателя для обмена мнениями и информацией по вопросам текущей и будущей деятельности РНК ЧЭС и отношений с другими международными организациями и учреждениями.
Вспомогательные органы — любая рабочая группа, группа экспертов, целевая группа, комитет или служба, учрежденные Советом министров иностранных дел или по его поручению. Они выполняют задачи, поставленные Советом, разрабатывают совместные проекты, а также способствуют продвижению этих проектов в соответствующих областях.
Центры, относящиеся к РНК ЧЭС создаются с одобрения Совета с целью обслуживания всех заинтересованных стран-участниц в конкретных областях сотрудничества. Результаты деятельности центров носят консультативный характер.